秦皇岛港主要煤炭装卸运输公司位于港区东部，其中，第二港务分公司是从事港口煤炭装卸作业的专业化公司，管理使用大型现代化煤炭输出码头，负责煤码头一期、二期工程装卸运输；拥有5万吨级泊位4个，2万吨级泊位1个，设计能力3800万吨，经过多年技术改造和能力扩充，通过能力可达到5000万吨。
第六港务分公司是秦皇岛港煤码头三期工程和“304”矿石码头的使用管理单位，主要承担山西、内蒙等地的煤炭运输以及矿石进口任务，年设计通过能力煤炭3000万吨、矿石400万吨，是秦皇岛港的主要生产单位之一。
秦皇岛港第七港务分公司成立于20世纪90年代后期,是国家跨“八五”、“九五”重点建设项目---煤码头四期工程的管理使用单位，位于秦皇岛港东港区，主要以大秦铁路为依托，将来自山西、内蒙等地的煤炭源源不断地送往华东、华南以及日本、东南亚、西欧等国家和地区。煤四期拥有3.5万吨级泊位2个、5万吨级泊位1个、10万吨级泊位1个，年设计通过能力4000万吨。年内, 还将增加3.5万吨级泊位1个，5万吨级泊位1个。煤码头四期工程的预留、扩容工程全部建成投产后，煤炭通过能力将达到5500万吨。
第九港务分公司为秦皇岛港煤五期工程的经营管理单位，成立于2005年7月7日，为秦皇岛港务集团有限公司的子公司，是国家北煤南运的主力运输单位。煤五期工程年设计通过能力5000万吨，为国家2005年重点工程项目，是目前国内规模最大、设备最先进的煤炭码头工程，也是大秦铁路线的配套工程，于2006年4月正式投产。
煤五期工程毗邻煤三期、煤四期，新建码头4个，其中15万吨级泊位1个、10万吨级泊位1个、5万吨级泊位2个、预留泊位2个。码头岸线长度为1187米，泊位前沿水深最深19.7米，可靠泊1.5万吨至15万吨各种散货船。堆场设计堆存能力400万吨，适应各煤种单堆单放需要和铁路万吨、2万吨大列进车接卸需要。