我国煤制油项目，虽然面临良好的发展机会，但也面临着项目投资巨大、技术有待成熟以及水资源、环保等方面的风险。
技术风险
煤制油有直接液化和间接液化两种技术路线，在全球范围内，大规模工业化生产的只有南非萨索尔公司的间接液化技术，美国、德国、日本均号称拥有成熟的直接液化技术，但均未有大批量工业化生产的例子。
资源风险
资源要素主要包括煤炭资源和水资源。煤直接液化法生产一吨油品需要煤炭3至4吨，煤间接液化法生产一吨油品需要煤炭5至7吨。如果按照煤直接液化法生产一吨油品需要煤炭4吨以及煤制油工厂50至100年的寿命计算，对应年产300万吨油品的煤制油工厂原煤总计需求为6至12亿吨，假定煤炭的可采系数按50%计，配套煤矿的探明储量应当不少于12至24亿吨。如果采用间接液化法煤制油，则需要更多的煤炭。
投资风险
煤制油项目是一个需要大量资金的项目，要达到比较好的收益，至少规模产量要达到100万吨油品/年，这大约需要100亿元的投资额，启动资金约为30亿元人民币。对企业来说，收回巨大投资成本压力很大。
油价波动风险
对煤炭液化工程经济效益影响较大的因素：一是油价，二是投资额，三是工厂的开工率，四是原料价格，包括煤、水、电。其中，对煤制油项目影响最大的是国际原油价格，而国际原油价格受多种因素影响，波动相当大。
初步研究表明，如以项目税后的内部收益率12%为参考基准，当煤价为150元/吨时，煤制油项目的竞争力相当于37美元/桶；当煤价为300元/吨时，煤制油项目的竞争力相当于48美元/桶。
工艺及方案选择风险
无论是Sasol公司或者Shell公司技术，最大优点是成熟可靠，而缺点是引进费用高，使项目总体造价可能大幅度上升(估计﹥15%)；相反，采用国内自主研发技术最大缺点是，工程放大存在一定风险，放大倍数越大，风险也越大，好处是项目总体造价可以大幅降低。
环保风险
煤制油项目面临的巨大环保压力是各方争论的焦点之一。数据显示，按照目前的直接液化工艺，每生产1吨成品油，需要消耗原煤4吨左右、水8至9吨，同时排放的二氧化碳是石油化工行业的7至10倍，不合理的煤化工规划将会直接影响当地经济社会平稳发展和生态环境保护。因此，煤制油项目必须经过严格环境评价。